한국지방세연구원은 이사회아래 감사가 있으며, 감사아래 원장,연구자문위원회가 있습니다. 원장아래 부원장이 있으며 부원장 산하에 연구기획본부와 경영지원 본부가 있습니다. 연구기획본부는 세제연구실, 세정연구실, 대외협력센터, 과표연구센터, 세외수입연구센터, 특례연구센터로 이루어져 있으며 경영지원본부는 자치협력실,OLTA센터, 지방세교육센터로 구성되어 있습니다.
